Mateřská škola má dlouholetou tradici. První zprávy, zachycené v Kronice MŠ, pocházejí z roku 1946, kdy MŠ byla pod správou národní školy. V září 1950 po stavebních úpravách byla MŠ přestěhována do bývalého hostince pana Procházky. Získala i nové jméno „Dětský útulek“. V únoru 1953 převzal správu nad mateřskou školou ONV Praha – východ. Tím opět získala název mateřská škola. V tomto období docházelo do MŠ 18 dětí. Prostory hostince však byly pro provoz MŠ nevyhovující, a proto bylo rozhodnuto o stavbě budovy sloužící pouze pro účely MŠ. Po dobu stavby byla MŠ na část roku přestěhována do hostince „U Smrťáků“.

Slavnostní otevření budovy MŠ i s jídelnou v ulici Ke Školce proběhlo 2. 1. 1956. Tato mateřská škola poskytovala výchovu dětem až do roku 1993, kdy její kapacita už nestačila pro zvyšující se počet docházejících dětí. V průběhu roku 1993  proto došlo k zásadní rekonstrukci, respektive ke zbourání staré budovy (školce po dobu stavby poskytl náhradní prostory Pečovatelský dům pro seniory). Na stávajícím místě byla následně postavena nová prostornější budova. V lednu 1994, za účasti primátora hl. m. Prahy, byl slavnostně obnoven provoz MŠ v moderně vyřešené budově, která plně odpovídá požadavkům pro pobyt dětí předškolního věku.

Od 1. 7. 2001 je škola v právní subjektivitě, zřizovatelem MŠ je Městská část Praha – Dolní Měcholupy.

Mateřská škola Dolní Měcholupy, jak zní od 1. 9. 2007 její oficiální název, je jedinou státní školkou v obci (městské části).

Z důvodu rostoucího zájmu o zápis dětí do MŠ byla v létě 2007 rozšířena kapacita školky na 60 dětí vybudováním třetí třídy Měsíc pro předškoláky v 1. patře. Stále trvající výstavba na území Dolních Měcholup a rychle se zvyšující počet dětí si vyžádal další stavební úpravy hned na konci školního roku 2008/2009. Přestavbou služebního bytu v 1. patře byla zřízena čtvrtá třída Kometa pro dalších 24 dětí, čímž se kapacita MŠ zvýšila na 85 dětí. V létě 2010 proběhla také modernizace hygienického zařízení v tělocvičně a přízemí budovy. V létě 2013 vznikla přestavbou a modernizací školní kotelny v 1. patře nad kuchyní pátá třída Blesk, čímž se kapacita školky od září 2013 zvýšila na 105 dětí. K poslednímu rozšíření školky na celkovou kapacitu 129 dětí došlo v září 2017, kdy se pro děti poprvé otevřela třída Planetka v nově přistaveném pavilonu v přízemí MŠ.